CR積分回路を組み込んでみました。ここはプログラムカウンタのクロックを整形してから入力したのと同じ部分なのでブレッドボード上で部品追加できます。シミュットトリガ2段直結していた所にCRを挟むだけなので簡単です。なんか初めから仕込まれていたようなトラブルです。
波形を実測します。クロック1kHz設定とし、上からクロック入力、コンデンサの電圧、クロック出力ですがわずかに遅延しているのがわかります。
クロック立上り部分を拡大すると、シミュレーション結果そのまま10usの遅れになっています